Clinton-Ära, die Welt steht am Rande des dritten Weltkriegs: Ein russischer Putschist hat einen Atomraketen-Stützpunkt in seine Gewalt gebracht. Das amerikanische U-Boot "USS Alabama" wird unter der Führung des kriegserfahrenen Kommandanten Ramsey (Gene Hackman) in russische Gewässer entsandt, um im Ernstfall sofort einen atomaren Gegenschlag führen zu können. Und der lässt nicht lange auf sich warten. Noch während das Boot einem feindlichen Angriff ausweicht, erhält die Mannschaft über Funk den Befehl, die Atomraketen feuerbereit zu machen. Doch in den hitzigen Kampfhandlungen wird das Funksystem beschädigt. Ein nachfolgender Funkspruch kann nicht vollständig empfangen werden. War dies der Befehl zum Abschuss der Raketen oder eine Absage der heiklen Mission?
Kriegsveteran Ramsey beschließt kurzerhand, die Atomgeschosse zu zünden. Doch der 1. Offizier Hunter (Denzel Washington) zweifelt an dieser Entscheidung. Der Harvard-Absolvent sieht in einem nuklearen Krieg keinesfalls eine Problemlösung. Mit einem verstümmelten Funkspruch, der unter Umständen die Feuerbereitschaft zurückgenommen hat, will er keinen Atomkrieg auslösen. Und so verweigert der besonnene Hunter seinem Kommandanten die notwendige Einwilligung des 1. Offiziers für eine derartige Aktion. Kurz darauf kommt es auf der "USS Alabama" zur Meuterei. Hunter übernimmt mit Hilfe des 1. Bootsmannes Cob (George Dzundza) das Kommando und stellt Ramsey unter Arrest. Bei einem erneuten russischen Angriff muss er sogleich sein Geschick als Kapitän unter Beweis stellen. Als der neue Kommandant dabei die Sicherheit des Schiffes über das Leben einiger seiner Männer stellen muss, drohen sich die Machtverhältnisse an Bord wieder umzukehren…