SHOGUN spielt in Japan zu Beginn des 17. Jahrhunderts. In Europa tobt der Kampf Englands und der Niederlande gegen Spanien. Im Auftrag der Niederländer, die die Seemacht der Spanier einschränken wollen, versucht der Engländer Blackthorne, Japan zu erreichen. Dieses Land wurde bisher nur von den Spaniern und den Portugiesen betreten. Blackthornes Schiff gerät in einen gewaltigen Sturm und zerschellt. Mit einigen seiner Männer wird er gerettet und wacht in einer völlig fremden Umgebung auf. Unverständlich für die Europäer sind Sprache, Sitten und Gebräuche ihrer Retter. Erzogen und aufgewachsen in der unerschütterlichen Überzeugung, dass England Mittelpunkt der Welt sei, müssen Blackthorne und seine Männer erfahren, dass sie in Japan mit jahrhundertealten Traditionen und einem höfischen Zeremoniell in Konflikt geraten und sie selbst als Barbaren betrachtet werden.
In Japan tobt zu dieser Zeit die Auseinandersetzung um die Regentschaft über das Reich. Die Herren feudaler Fürstentümer sind anstelle des völlig machtlosen Kaisers längst Träger der tatsächlichen Regierungsgewalt. In mitten von Intrigen, Kämpfen, von Verrat, Treue, Hass und Leidenschaft, entfaltet sich ein faszinierendes Bild Japans. Der Engländer Blackthorne beginnt, unendlich mühsam zuerst, Japan, die Japaner und ihre Kultur zu verstehen. Seine Charakterstärke und sein Mut führen dazu, dass er Vasall und Lehnsmann Toranagas, eines der fünf Reichsfürsten, wird und schliesslich Samurai und Freund des Herrschers. Blackthorne trägt stolz sein Schwert als Samurai und muss sich einem strengen Ehrenkodex unterwerfen, aus dem es kein Ausbrechen gibt. Seine Liebe gilt einer adeligen Japanerin aus bester Familie, die seine Gefühle erwidert, sich aber nicht scheiden lassen kann.
Der Zuschauer erlebt mit Blackthornes Augen das Japan dieser Zeit und lernt durch ihn, dieses Land und seine Menschen in ihrer Tradition zu verstehen.
Folge 1:
1553 strandet John Blackthorne mit seinem Schiff "Erasmus" zufällig in Japan, nachdem er schon lange nach einem Seeweg in dieses ferne Land gesucht hatte. Die Portugiesen haben zu dieser Zeit schon seit 50 Jahren eine Verbindung zum "Land der aufgehenden Sonne". Die Jesuiten sehen nun in der Ankunft eines englischen Schiffes eine Bedrohung ihrer Vormachtstellung und es gelingt ihnen, Blackthorne als Pirat zu denunzieren. Er wird zum "Daimyo" Toranaga gebracht.